Lasy o szczególnych walorach przyrodniczych HCVF wyznaczane zgodnie z wymogami posiadanego certyfikatu FSC to lasy: Obszary chronione w rezerwatach i parkach narodowych, obszary chronione w parkach krajobrazowych, ostoje zagrożonych i ginących gatunków,kompleksy leśne odgrywające znaczącą rolę w krajobrazie, w skali krajowej, makroregionalnej lub globalnej,ekosystemy skrajnie rzadkie i ginące, marginalne z punktu widzenia gospodarki leśnej, ekosystemy rzadkie i zagrożone w skali Europy, lasy wodochronne, lasy glebochronne, lasy kluczowe dla tożsamości kulturowej lokalnych społeczności.

W pierwszej kolejności, jako ekosystemy reprezentatywne wyznaczane są powierzchnie w stanie naturalnym lub maksymalnie zbliżonym do naturalnego. Na takich obszarach nie prowadzi się działań gospodarczych. W wyjątkowych sytuacjach mogą być prowadzone prace polegające na  wycinaniu obcych gatunków drzew i krzewów (czeremchy amerykańskiej, robinii akacjowej) w celu zachowania tych ekosystemów w stanie jak najbardziej naturalnym.
Wyznaczanie ekosystemów reprezentatywnych jest wymogiem Certyfikatu Dobrej Gospodarki Leśnej FSC.

Rozmieszczenie ekosystemów reprezentatywnych oraz lasów HCVF można zobaczyć na załączonych poniżej mapach.